商议了三天，最终李二郎决定学清朝的做法，成立两个决策机构。
一个是上书房，负责处理唐国政事，协助李二郎制定国策，除了杜如晦之外，房玄龄等人全都进上书房，参与议政，迁房玄龄为上书房首辅大臣。
另一个是军机处，李靖、徐世绩、尉迟恭、程咬金几人都是军机处大臣，迁李靖为军机处首辅大臣。
李二郎借鉴了三省六部制。
去除了中书省、门下省、尚书省三省，保留了六部二十四司，负责处理全**政、财文、兵刑、钱谷等一应行政事务。
其中吏部掌文选、勋封、考课之政，下统吏部、司封、司勋、考功四司。
四司官员分掌如下：吏部郎中，掌文官阶品，朝集、禄赐、给假告身、假使，其中有一人专掌选补流外官。员外郎二人，一人判南曹，均为尚书、侍郎之副贰。司封郎中，掌封命、朝会、赐予之级。司勋郎中，掌官吏勋级；考功郎中，掌文武百官功过、善恶之考法及其行状。
户部，掌天下财政、民政，包括土地、人民、婚姻、钱谷、贡赋等，所属有户部、度支、金部、仓部四司。其中户部郎中、员外郎，掌户口、土地、赋役、贡献、蠲免、优复、婚姻、继嗣之事；度支郎中、员外郎掌天下租赋、物产丰约之宜、水陆道涂之利，岁计所出而支调之，与中书门下省议定上奏；金部郎中、员外郎掌天下库藏出纳、权衡度量之数，管理京市、宫市等交易之事，并供给宫人、王妃、官员奴婢衣服；仓部郎中、员外郎掌天下库储、出纳租税、禄粮、食禀之事。
礼部掌礼仪、祭享、贡举之政。所属有礼部、祠部、膳部、主客四司。其中礼部郎中、员外郎，掌礼乐、学校、衣冠、符印、表疏、图书、册命、祥瑞、铺设，及百官、宫人丧葬赠赙之数；祠部郎中、员外郎掌祠祀、享祭、天文、漏刻、国忌、庙讳、卜筮、医药、僧尼之事；膳部郎中、员外郎，掌陵庙之牲豆酒膳；主客郎中、员外郎，掌诸蕃朝谨之事。