陈州被朱温解围，黄巢很生气，集合余部集中兵力直奔汴州。朱温大惊，急忙率部返回，并向朝廷请求支援。唐僖宗合计当时解围长安时，揍黄巢最猛的非沙陀李克用莫属，就命令李克用率领所部骑兵南下，与朱温合力剿灭黄巢。李克用虽桀骜不驯，但对唐室很是忠心，接到朝廷的命令后，就率兵南下，与朱温强强联手，在中牟北部打败黄巢军，一举消灭了黄巢军的主力。此战有三个结果，一是黄巢兵败逃亡途中被部下所杀，黄巢的人头被献给感化军节度使时溥，时溥与朱温因争功而交恶，蔡州秦宗权接替了黄巢的位置；二是朱温的势力大增，招降了葛从周、张归厚、张归霸等黄巢旧将；三是发生了上源驿事件，朱温与李克用交恶。
黄巢死了，但秦宗权还在，秦宗权登高一呼，集合黄巢旧部达到30万人，以蔡州为根据地先后转战河南南部、湖北北部、山东大部，攻城略地转战千里，甚是嚣张。朱温联合郓州朱瑄、兖州朱瑾等可以联合的力量，与数倍于自己兵力的秦宗权力战三年，从屡败屡战到屡战屡胜，最终失地一一收复，朱温的势力范围也一步一步增大，成为中原势力最强的藩镇。
黄巢及秦宗权被消灭后，没有了敌我矛盾，没有了同仇敌忾的目标，皇室的地位也越来越低，藩镇之间的内部矛盾成为了社会的主要矛盾，鹿失中原，唯强者得之。