武卫军虽然仿照西式陆军遍练，可在滕毓藻看来，它的编制却很有些不伦不类，或者说，武卫军就是西式陆军同清军实际互相结合的一个产物。
比如武卫军设前、后、左、右、中五军，各军设总统官一名，统管全军，其下只有营的编制，而无师、旅、团的编制。
其中，聂士成是武卫前军总统，驻防芦台、开平；董福祥为武卫后军总统，驻防蓟州；宋庆为武卫左军总统，驻军山海关内外；袁世凯为武卫右军总统，现已署理山东巡抚，武卫右军现驻山东剿灭义和团；荣禄直属的武卫中军，驻防京师南苑。
前、后、左、右、中五军，并不是现代意义上的五个军部队，而是五支军队的名称，由于他们都是从清军中成建制转成武卫军部队，所以，他们虽然都堪称朝廷的嫡系部队，可他们的人数并不相同，甚至武器装备和军装也并不完全一样。
如武卫前军的前身，它是淮军之中的聂士成统帅的武毅军。
武卫前军是武卫军中装备训练最好的两个军之一，它也是抵抗八国联军侵华时期武卫各军中战力最坚强、装备最精良的部队。
武卫前军官兵15000多人，长夫4000多人，总人数有20000人，有三十营。
其中有骑兵五个营，炮兵五个营，五個炮兵营装备的都是克虏伯75mm和较老的60mm火炮，另外，每个步兵营还装备有德制三十七mm和五十mm火炮。
除完全新编d的武卫右军外，武卫前军是此时最受朝廷重视的部队，聘用的都是德国教官，全套德式装备，枪支就有这时最新锐的G98毛瑟步枪、马克沁机枪等，就连军装都和仿照德军的右军相同，他们甚至被百姓称之为“假洋鬼子”。
而武卫后军前身，则是甘军董福祥的董字三营，成为武卫军后，编制有所扩大，变为八营，其中炮、马、工程各一个营，合计七千四百人。
武卫左军也是淮军出身，统帅是和淮军悍将刘铭传齐名的宋庆，淮军在甲午时损失殆尽，残部被荣禄编成武卫左军，所部也只有一万多人。
袁世凯的武卫右军虽然人数最少，可由于完全是新编陆军，士兵大多是完全从头开始训练，又从北洋武备学堂招来大批毕业生加入，不仅训练最为有素，武器装备也不比武卫前军弱，虽然只有七千多人，可完全就是比照这时的德国陆军师编制的，论战斗力，要比武卫前军强很多。