武卫军除了人数编制不统一，部队编制也有些不伦不类。
比如营的编制，步队营包括管带（营长）、帮带（副营长）、营教习（总排长）各一员，辖前、后、左、右四哨，每哨三排、每排设排长一人，下辖三棚，每棚目一名、正兵十二。
全营军官2人，士兵（头目及正兵）500人，另有文案、医官、委员、书识各2人，长夫180人，合计全营711人。
长夫并不是民夫，而是辅兵，他们同正兵的区别除了每月饷银不同，他们还要干些杂活，行军时也要兼做挑夫。
而书识，其实就是文书的另一种说法。
至于棚目，就是班长。
哨长，则是连长。
就是这些军职和编制，武卫军中也并不统一，称呼很有些混乱。
唯一值得一提的就是，武卫军各军中，除了分管后勤的营务处和分管教学的教习处，以及军械局、军医局，还都设有粮饷局，在各营也分设委员，以保证粮饷能足额发放到每个士兵手中。
虽然滕毓藻对武卫军这种不伦不类的编制很是吐槽，可现实就是如此，在他还没能力改变时，他也只能漠视如此。